Nous sommes quatorze ans après les évènements de Kingdom Hearts 2. En tant d’années, les choses ont considérablement changé. Les dangers d’hier sont des soucis bénins aujourd’hui, et au fil du temps, les héros ont surgi de là où on ne les attendait pas. Ce sont les membres de la lumière qui combattent jour après jour contre les ténèbres.
Ce n’est plus une quête solitaire qui ne concerne que certains élus. C’est une guerre de factions. Chaque groupe est terré dans son quartier général, se fait des ennemis comme des alliés. Vivre dehors est devenu trop dangereux. Être seul est suicidaire. A vous de choisir.
La guerre est imminente... chaque camp s'organise avec cette même certitude pour la bataille.
Si le centre-ville est le coeur, on peut dire que l'université est le cerveau. C'est là que sont formés les plus brillants et les plus éminents. C'est là que sont faites les plus grandes recherches et là que naissent les plus ambitieux projets. Grâce à l'université, la ville a pu devenir ce qu'elle est aujourd'hui.
Seuls les éléments les plus prometteurs de cette science sont admis dans cette zone pour y réaliser leur thèse. C'est un grand bâtiment moderne et bien aménagé où les élèves ont accès à de beaucoup de matériel et une infrastructure idéale. La robotique est une des sciences mises à l'honneur à San Fransokyo et elle reçoit de nombreux subsides, la société Krey cherche souvent à racheter leur brevet.