Nous sommes quatorze ans après les évènements de Kingdom Hearts 2. En tant d’années, les choses ont considérablement changé. Les dangers d’hier sont des soucis bénins aujourd’hui, et au fil du temps, les héros ont surgi de là où on ne les attendait pas. Ce sont les membres de la lumière qui combattent jour après jour contre les ténèbres.
Ce n’est plus une quête solitaire qui ne concerne que certains élus. C’est une guerre de factions. Chaque groupe est terré dans son quartier général, se fait des ennemis comme des alliés. Vivre dehors est devenu trop dangereux. Être seul est suicidaire. A vous de choisir.
La guerre est imminente... chaque camp s'organise avec cette même certitude pour la bataille.
"Peut-être connaissez-vous le repère que les gueux de Paris ont choisi pour tannière. Ce lieu est un tabernacle que l'on nomme La cour des Miracles. Ou les boiteux dansent, les aveugles voient. Les morts font silence, Le silence est de mort, Les morts ont
toujours tort." Chantent les bohémiens, dévoilant leurs vices avant d'exécuter leurs captifs dans la Cour des Miracles. Dans les catacombes ou des squelettes sont entassés.