Nous sommes quatorze ans après les évènements de Kingdom Hearts 2. En tant d’années, les choses ont considérablement changé. Les dangers d’hier sont des soucis bénins aujourd’hui, et au fil du temps, les héros ont surgi de là où on ne les attendait pas. Ce sont les membres de la lumière qui combattent jour après jour contre les ténèbres.
Ce n’est plus une quête solitaire qui ne concerne que certains élus. C’est une guerre de factions. Chaque groupe est terré dans son quartier général, se fait des ennemis comme des alliés. Vivre dehors est devenu trop dangereux. Être seul est suicidaire. A vous de choisir.
La guerre est imminente... chaque camp s'organise avec cette même certitude pour la bataille.
Vous êtes devant les ruines d’une civilisation extrêmement évolué, malheureusement, il ne reste rien de cette dernière. Il ne reste que les vestiges des bâtiments, reposant au sol et dessinant un trajet vers les restes de la capitale de ce monde. Dans tous les vestiges de ce monde, vous trouverez d’étranges lueurs brillantes dans le ciel. Il arrive que, parfois, elles se croisent et fassent revivre un souvenir de ce monde avant sa chute dans les ténèbres.